注册深圳分公司财务上选择独立核算和非独立核算在报税上是没有区别的，只是企业选择的一种核算方式。
如果总公司在深圳，增值税和企业所得税都可以汇总到总公司一起申报，增值税向总公司所属税局进行汇总申报备案，企业所得税分别向总公司和分公司的所属税局进行备案，这样分公司就不用独立报税了。
如果总公司在外地，分公司在深圳，增值税是要在深圳分公司所属税局直接申报就可以，企业所得税如果要汇总在总公司申报的话，总公司和分公司的所属税局都要进行备案，然后总公司先报，然后再分配一定比例给分公司再报（如果增值税也想汇总在外地总公司一起报的话，会非常麻烦，要国家税务总局进行审批，所以才建议在分公司直接申报增值税的）。
另外如果增值税汇总在总公司申报了，就由总公司开票，分公司不具备开票资格；如果分公司单独申报增值税的，就可以自己独立开票。
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